Vanaf 1862 was Robert Edward Lee de opperbevelhebber van de Geconfedereerde Staten van Amerika. Hij zou dat blijven totdat hij op 9 april 1865 capituleerde.

Voor de oorlog was Lee al op weg om een belangrijke positie in het leger te gaan vervullen. In 1825 begon hij zijn opleiding aan West Point, de militaire academie. In 1834 trouwde de Virginia geboren generaal met Mary Anna Randolph Custis, achterkleindochter van Martha Washington. Hij trok ten strijde in de Mexicaanse-Amerikaanse oorlog en promoveerde uiteindelijk tot luitenant-kolonel. Daarna werd hij superintendent van West Point.

Aan de vooravond van de burgeroorlog bood Abraham Lincoln Lee het commando aan van het noordelijke leger. Echter, door zijn loyaliteit aan Virginia kon hij niet op het aanbod ingaan; hij trad toe tot het leger van de Geconfedereerde Staten van Amerika. Bij het begin van de oorlog werd hij benoemd tot commandant van het leger van Virginia.

Zijn start was op z’n minst slecht te noemen. Hij leed een gevoelige nederlaag in de Slag van Cheat Mountain waarvoor hij als schuldige werd aangewezen. De Geconfedereerden moesten in de verdediging en Lee werd bevolen de nieuwe hoofdstad Richmond te verdedigen. Zijn afwachtende gedrag leverde hem de bijnaam Granny Lee op, hetgeen snel zou veranderen na gedurfde aanvallen tijdens de Zevendaagse Slag. McClellan’s plan werd in de kiem gesmoord. Sterker nog, in 90 dagen zou het aanzien compleet veranderen. Lee versloeg ook generaal John Pope in de Tweede Slag bij Bull Run. Daarmee verplaatste hij de frontlinie van Richmond naar het zuiden van Washington D.C.

Lee trok vervolgens Maryland en Pennsylvania binnen. McClellan kreeg er lucht van en besefte dat het leger van Lee opgesplitst was. Echter ging McClellan te voorzichtig te werk en kreeg Lee de plannen van McClellan via een spion in handen. Het resultaat was de Slag bij Antietam op 17 september; de dag waarop de meeste slachtoffers van de gehele oorlog zouden vallen. Een krappe nederlaag was het gevolg en Lee moest zich terugtrekken.

Lincoln verving McClellan door Ambrose Burnside, hetgeen Lee de kans gaf zich te hergroeperen. Een frontale aanval op 13 december van de Unie bij Frederickburg resulteerde in een eclatante nederlaag. Maar liefst 12.600 Unie-slachtoffers vielen er te noteren tegenover maar 5.000 Geconfedereerden.

Wederom wisselde het commando bij de Unie, het was de beurt aan Josehp Hooker. In mei 1863 plaatste Hooker een aanval bij Chancellorsville in Virginia. Lee was Hooker te slim af door een gedurfde manoeuvre. Hij splitste zijn leger en liet Stonewall Jackson’s leger de flank van Hooker aanvallen. Wederom behaalde de Geconfedereerde een knappe overwinning maar tegen een hoge prijs; Stonewall Jackson sneuvelde per ongeluk door eigen vuur.

Gelijktijdig werd het westelijke front door generaal Ulyssus S. Grant opgerold. Als adviseur van president Jefferson Davis adviseerde hij om Grant te negeren en in het noorden aan te vallen. Het zou een strategische blunder blijken. De Geconfedereerden verloren de controle in het westen en werden bijna afgesneden in het noorden.

Bij de invasie van het noorden trof hij generaal George G. Meade in het dorpje Gettysburg. De drie dagen die volgenden, mondde uit in de bloedigste slag van de gehele oorlog. Op de derde dag verloor Lee de slag toen hij tegen de zin in van generaal Longstreet een frontale aanval beval op het centrum van de linie van de Unie. De aanval die bekend staat onder de naam Pickett’s Charge werd afgeslagen. Lee trok zich terug en bood zijn ontslag aan Davis aan. Davis weigerde.

Het jaar daarop zetten Grant Lee met zijn rug tegen de muur. Lee sloeg elke aanval af (Overland campagne, Wilderness, Spotsylvania Court House en Cold Harbor) maar putte zijn leger finaal uit. Hij groef zich in bij Petersburg. Het lukte Grant echter om een vitale spoorwegverbinding te veroveren waardoor de bevoorrading van Richmond stil kwam te liggen. Lee probeerde nog via Jubal A. Early en de Shenandoah Valley door te breken naar Washington D.C. maar generaal Philip Sheridan stak daar een stokje voor. De belegering van Petersburg zou tot maart 1865 duren. De grote getalen Unie-soldaten zouden de slecht uitgeruste Geconfedereerden uiteindelijk overrompelen. Op 2 april viel de stad. Lee probeerde nog te ontsnappen maar werd omsingeld. Op 9 april tekende General in Chief of the Armies of the Confederate States Lee zijn overgave aan generaal Grant in Appomattox Court House.